W wyniku wydarzeń wojennych 1939 roku Wisznice zostały zajęte przez Niemców 21 września, a następnie przekazane 24 września Armii Czerwonej. Na mocy porozumienia obu agresorów z 7 na 8 października ponownie znalazły się w niemieckiej strefie okupacyjnej. W październiku 1939 roku Niemcy dokonali podziału okupowanej Polski. 26 października 1939 roku ukazały się dekrety o powołaniu Generalnego Gubernatorstwa. Obszar ten podzielono na cztery dystrykty: lubelski, krakowski, radomski i warszawski. 1 sierpnia 1941 roku utworzono dystrykt Galicja. Okupant dokonał korekty liczby powiatów oraz gmin, które połączył w większe jednostki.

Gmina Wisznice znalazła się w powiecie bialskim. Przyłączono do niej gminę Romanów. Ze względu na rozległy teren powiatu w Wisznicach powołano tzw. Komisariat Wiejski (Landkomisariat), co powodowało pewną koncentrację sił okupacyjnych, takich jak żandarmeria i jednostki administracyjno-gospodarcze. Wielu Żydów opuściło Wisznice z chwilą wycofywania się sowieckiej armii, udając się za Bug.